Persécuté depuis sa plus tendre enfance, essentiellement par ses camarades qui se moquaient de son physique, Jonathan n'a pas vécu la meilleure des enfances. Tantôt rejeté pour son allure qu'on étiquetait "d'épouvantail", tantôt pour son caractère renfermé, plutôt timide et rat de bibliothèque. Traumatisé et décidé à prendre une revanche sur ses camarades ainsi qu'à calmer sa peur des moqueries et des regards mesquins et moqueurs, il décide d'étudier les phobies, toutes, même les plus rares et les plus inutiles. C'est ainsi qu'il se libéra de ses propres peurs, du moins, c'est ce qu'il continue d'affirmer jour après jour depuis. Plus âgé, Jonathan étudia la psychologie en même temps que la biochimie, bien aidé par sa connaissance presque sans faille des phobies. C'est comme cela qu'il devint professeur à l'université de Gotham. Seulement, personne ne put ignorer ses manières étranges et effrayantes d'enseigner, tout comme ses méthodes plutôt originales et pas très catholiques. Il dut donc démissionner, du moins, c'est ainsi que cela s'est fait juridiquement.

Assoiffé de vengeance, c'est après cette période que Crane commença à développer son style de vilain, pour ainsi dire, le masque d'épouvantail, et qu'il expérimenta ses gaz hallucinogènes, qu'il utilisa contre les hauts membres de la faculté, allant jusqu'à causer leur mort, avec son célèbre gaz phobique : celui qui l'inhale voit apparaître en chair et en os ses pires phobies, et meurt d'une crise de terreur. Si on pensait que mourir de peur n'était qu'une expression, c'est sûrement grâce à Jonathan que les gens ont commencé à comprendre que cela pouvait tourner à la réalité. Lors d'un face à face avec l'homme chauve-souris, c'est elle qui gagne le duel, et qui envoie l'Epouvantail à l'asile, qui connait donc l'entrée de l'un de ses membres les plus déphasés, un psychopathe dont la plus grande terreur était dorénavant Batman. C'est dans son but de le vaincre qu'il s'échappe sans grand mal de l'asile d'Arkham, traquant ainsi sans relâche le justicier à la cape. Quand il réussit à se retrouver à nouveau en face à face avec ce dernier, ignorant son absence de Gotham depuis plusieurs années, Jonathan fit inhaler son gaz à son ennemi, pour qu'il doive faire front à ses plus grandes peurs, c'est sans mal qu'on sait ce qu'a donc vu l'homme chauve-souris lors de son hallucination. Pendant ce temps, le docteur est acheté par la Ligue des Ombres, et empoisonne l'eau de la ville entière à l'aide des ses toxines. Il tentera de faire taire Rachel Dawes en lui faisant gouter à ses substances illicites mais manquera son coup, Batman sauvant la demoiselle et la ville par la même occasion. Remis à l'asile, c'est sans grande surprise qu'il en sort une nouvelle fois. Ses rares apparitions notables et affrontements avec l'homme chauve-souris seront un bref face à face dans un parking vide, où Crane tient d'abord tête à des imposteurs, avant que le réel justicier n'arrive et qu'il le ligote. Le docteur affiche un visage heureux, sûrement dû au fait qu'il a peur de l'homme chauve-souris et le quitte pour les bras de la police, accompagné des imposteurs. Emprisonné à Blackgate, c'est Bane qui le libère, avec des milliers d'autres prisonniers. Il présidera après ça un tribunal kangourou, où les deux solutions sont la mort, ou l'exil. Mais même l'exil condamne à la mort, le sujet doit traverser une fine couche de glace qu'ils traversent et qui les font mourir de froid. Bane lui accorda le contrôle des tribunaux par la même occasion. L'Epouvantail demande entre autres au comissaire Gordon s'il préfère la mort ou l'exil. Ce dernier répond par "la mort", ce à quoi Crane répond par une simple décision : la mort par l'exil. Malencontreusement, Batman sauve une nouvelle fois les gentils.